Der im November 2015 vom Bundestag eingesetzte zweite Untersuchungsausschuss zum Behördenversagen bei rassistischen Verbrechen, die der sogenannte Nationalsozialistische Untergrund (NSU), eine extrem rechte Gruppierung, gegen Angehörige ethnischer Minderheiten begangen hatte, setzte seine Ermittlungen fort. Eine offizielle Untersuchung der potentiellen Rolle von institutionellem Rassismus als Ursache dieses Versagens fand trotz entsprechender Empfehlungen des UN-Ausschusses für die Beseitigung rassistischer Diskriminierung und des Menschenrechtskommissars des Europarats nicht statt.
Im ganzen Land kam es zu zahlreichen Demonstrationen sowohl gegen Flüchtlinge als auch speziell gegen Muslime. In den ersten neun Monaten des Jahres registrierten die deutschen Behörden 813 Straftaten gegen Flüchtlingsunterkünfte. Im selben Zeitraum registrierten die Behörden 1803 Straftaten gegen Asylsuchende, bei denen 254 Menschen verletzt wurden. Die Behörden entwickelten keine angemessene nationale Strategie, um Angriffe gegen Flüchtlingsunterkünfte zu verhindern.
Im Oktober 2016 verabschiedete der Bundestag ein neues Gesetz zur Überwachung. Es gewährt dem Bundesnachrichtendienst weitreichende Befugnisse für die Überwachung von Nicht-EU-Bürgern ohne wirksame richterliche Kontrolle und zu unterschiedlichsten Zwecken, einschließlich dem der nationalen Sicherheit. Im August äußerten sich mehrere UN-Sonderberichterstatter, unter ihnen der Sonderberichterstatter über Meinungsfreiheit und das Recht der freien Meinungsäußerung, besorgt über die negativen Auswirkungen des Gesetzes auf die freie Meinungsäußerung und über den Mangel an richterlicher Kontrolle.
Die Behörden unterließen es nach wie vor, Vorwürfe über Misshandlungen durch die Polizei wirksam zu untersuchen, und richteten keine unabhängigen Beschwerdestellen ein, um diesen Vorwürfen nachzugehen.
Die Behörden unternahmen erhebliche Anstrengungen, um die große Zahl Asylsuchender, die 2015 nach Deutschland gekommen waren, unterzubringen und ihre Anträge zu bearbeiten. Die Regierung verabschiedete jedoch auch mehrere Gesetze, die die Rechte von